Ndonëse e gjithë vëmendja është përqëndruar tek ai si triumfues, pak dihet për jetën e tij personale. Khabib, i cili është nga Dagestani, është martuar 5 vite më parë, ndërsa tashmë ka edhe dy fëmijë.

Ajo që ka rënë më shumë në sy te ndjekësit e këtij sporti dhe adhuruesit e Khabib është bashkëshortja e tij, emri i së cilës nuk është bërë asnjëherë publik më poshtë ndiqni fotot nga nusja e Khabib.

Në një video të postuar nga dasma e tij në vitin 2013, nusja në altar është e mbuluar e tëra. Khabib është mysliman, ndërsa është edhe një praktikant i rregullt i zakoneve të vendit ku ai ka lindur dhe jeton. Arsyet e mosshfaqjes në publik të bashkëshortes së tij lidhen me këtë fakt.